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等层面分析五味麝香丸治疗“真布”病的作用机制，以在                           麝香丸组方药材的有效成分及其结构信息，以口服生物
        传统藏药药性与现代网络靶点间建立联系，提高藏药方                            利用度（OB）≥30％、类药性（DL）≥0.18 为筛选条件 ，
                                                                                                         [6]
        剂研究的系统性。                                            将筛选结果的“sdf”格式文件导入 BATMAN-TCM 网络
                                                            药理学研究平台（http：//bionet.ncpsb.org/batman-tcm/），
                                                            预测上述有效成分的对应靶标蛋白，并借助 ETCM 数
                                                            据库（http：//www.nrc.ac.cn/9090/ETCM/index.php/Home/
                                                            Index/index.html）检索“真布”病的相关靶标蛋白。
                                                            1.2.2  共同靶标筛选        应用 Excel 2016 中的“SUMIF”
                                                           “VLOOKUP”等函数，筛选五味麝香丸的有效成分和“真
            图1 基于藏医理论的“真布”病发病机制示意图                          布”病的靶标蛋白，获取二者的共同靶标。
        Fig 1 Illustration diagram of pathogenesis of“Grum  1.2.3  网络构建与机制分析           将“1.2.2”项下所获共同
               bu”disease based on Tibetan medicine theory
                                                            靶标导入DAVID 6.8生物信息学资源数据库（https：//da-
        1 资料与方法                                             vid.ncifcrf.gov/）中进行“五味麝香丸-‘真布’病-基因”的
        1.1 药性分析                                            基因本体（GO）和 KEGG 通路富集分析；使用 Cytoscape
        1.1.1  数据来源      以《四部医典》、《卫生部药品标准：藏                 3.7.0软件构建“五味麝香丸-‘真布’病-靶标-通路”网络，
        药》 、《晶珠本草》为依据，搜集五味麝香丸的组方、剂                          并进行可视化展示和网络拓扑学分析。网络中，节点代
            [4]
        量、显味（即药味）。                                          表化合物、靶蛋白、通路，边代表化合物-靶标-通路之间
        1.1.2  矢量结构模型构建          以组方矢量（B）、剂量矢量              的相互关联。应用该软件中的“Network analyzer”功能，
        （T）、配伍矢量（D）等 3 种影响方剂药性的矢量为基础，
                                                            计算网络节点度值（该值反映了网络中与某节点相连边
        应用前期研究中构建的藏药药性分析方法，即应用方剂
                                                            的数量），并选择网络中的核心靶标（节点度值≥11）进
        组方六味比值公式 计算五味麝香丸中5种组方药材的                                      [7]
                         [5]
                                                            行分子对接 。
        六味比值（Y），Y＝X/[n+（n－1）+（n－2）+（n－3）+（n－
                                                            1.3  分子对接分析
        4）+（n－5）]，式中，“Y”表示药味递减间隔，“X”表示显味
                                                            1.3.1  数据来源      将“1.2.3”项下所得核心靶标导入生
        比例（本研究设显味占 0.9、隐味占 0.1），“n”表示显味记
                                                            物大分子空间结构（PDB）数据库（http：//www.rcsb.org），
        载味数且1≤n≤6；应用“味性化味”矢量结构模型 计算
                                                   [5]
                                                            并下载其“pdb”格式文件；应用 ChemBio 3D UItra 14 软
                                    n
        方剂整体的六味比值（Rm ），Rm＝∑ （B1T1D1+B2T2D2+……               件对与核心靶标相关的五味麝香丸有效成分结构进行
                                    n＝1
        +BnTnDn ），式中，“Rm”表示六味之某一味的比值总和，“n”                  优化。
        表示方剂组方药物个数。根据六味与十七效的关系，计                            1.3.2  分子对接     应用Maestro Version 11.1.011软件的
        算十七效比值，并根据《四部医典》记载的六味、三化味、                         “Protein preparation wizard”插件对核心靶标进行对接预
        八性、二十种特性等的关系分析上述指标的相应比值。                            处理，通过“OPLS-2005 力场”进行能量优化，在中性条
        所得各比值越高，表明所对应的药性越强 。                                件下加氢，优化氢键，优化均方根平均差（RMSD）至
                                           [5]
        1.1.3  网络构建      取“1.1.2”项下所得五味麝香丸的六                0.03 nm；以核心靶标活性空腔为对接中心，使用该软件
        味、三化味、八性、十七效等比值，根据十七效与二十种                           的“Glide/receptor grid generation”模块生成格点文件；利
        特性的关系，计算二十种特性与三因等数据，导入 Ge-                          用 该 软 件 的“LigPrep”模 块 建 立 小 分 子 包 裹 ，通 过
        phi 0.9.2复杂网络软件，采用“FaceAtlas 2”模块，并根据              “OPLS-2005 力场”进行能量优化，获得小分子配体；采
        不同属性进行修正，构建五味麝香丸治疗“真布”病的                            用该软件的“Glide/ligand docking”插件将上述处理好的
       “组方-药性-疾病”网络（网络中，节点代表方剂组方药材                          配体和靶标进行分子对接，为柔化配体非极性部分的电
        与疾病之间的潜在药性，边代表两者的内在关联）；在统                           势，将比例因子设置为 0.80，局部电荷阶段值设置为
        计模块中分析边权重值，即节点之间的关联强度。                              0.15，每个配体保留5 000个姿势，作为对接的初始阶段，
        1.2 网络靶点分析                                          选择“标准精度（SP）柔性对接”，进行对接后将能量最小
        1.2.1  五味麝香丸有效成分及靶标筛选                 借助中药系         化 ，设“ 拒 绝 最 小 姿 势 ”的 能 量 阈 值 为 0.50 kcal/mol
        统药理学分析平台数据库（TCMSP，http：//ibts.hkbu.edu.            （1 cal＝4.19 J），对接效果评价采用“Glide score”评分功
        hk/LSP/tcmsp.php）、有机小分子生物活性数据库（Pub-                 能。该评分以“Chem score”为基础，且包含了一个空间
        Chem，https：//pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）等，检索五味       冲突项，并添加了其他奖罚项[如隐极性项（根据薛定谔


        ·166  ·  China Pharmacy 2020 Vol. 31 No. 2                                   中国药房    2020年第31卷第2期
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