Page 33 - 《中国药房》2026年2期
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2.1.2  DLBCL 疾 病 相 关 靶 点 的 收 集 与 西 黄 丸 治 疗         HDAC1)、雌激素受体 1、连环蛋白 β1(catenin beta 1,
          DLBCL潜在靶点的获取                                       CTNNB1)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、
              使用GeneCards数据库、OMIM数据库和DisGeNET                JUN原癌基因。
          数据库,以“diffuse large B-cell lymphoma”为检索词,限         2.1.5 潜在靶点生物功能富集分析
          定物种为“homo sapiens”,得到 DLBCL 疾病相关靶点,                    将 PPI 网络中按度值大小排序前 100 个靶点导入
          合并所有靶点并去重后最终得到 2 059 个与 DLBCL 相                    Metascape 数据库进行基因本体(gene ontology,GO)功

          关的疾病靶点。将所获西黄丸活性成分相关靶点与                             能和京都基因与基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of
          DLBCL 疾病相关靶点上传至 Venny 2.1.0 平台取交集,                 Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,物种设置为
          最终获得410个西黄丸治疗DLBCL的潜在靶点。                          “homo sapiens”,设定 P<0.01。结果显示,共富集到
          2.1.3 “西黄丸-活性成分-靶点-DLBCL”网络构建及                     1 763个生物过程(biological process,BP)条目、141个分
          分析                                                 子功能(molecular function,MF)条目、68 个细胞成分
              将“2.1.2”项下获得的 410 个交集靶点导入 Cyto‐               (cellular component,CC)条目以及 193 条 KEGG 通路。
          scape 3.9.1 软件构建“西黄丸-活性成分-靶点-DLBCL”                分别将 GO 功能富集结果排序前 10 位的条目和 KEGG
          网络图。借助 Network Analyzer 插件进行拓扑分析,结                 通路富集结果排序前20位的通路导入微生信网站,生成
          果显示,该网络图包含 500 个节点、1 839 条边。根据度                    GO 功能 BP、CC、MF 条目的三合一柱状图(图 1A)和
          值大小排序选取前6个成分作为西黄丸的核心成分,分                           KEGG 通路的气泡图(图 1B)。结果显示,GO 功能富集
          别为 17 beta-estradiol(17β-雌二醇)、quercetin(槲皮素)、      主要与apoptotic signaling pathway(凋亡信号通路)、tran‐
          5-cis-cyclopentadecen-L-one(5-顺-环十五烷-L-酮)、P-       scription  factor  binding(转 录 因 子 结 合)、transcription
          menth-4-en-3-one(5-甲基-2-丙-2-基环己-2-烯-1-酮)、an‐       regulator complex(转录调节因子复合物)等有关;KEGG
          drost-4-ene-3,17-dione(雄烯二酮)、testosterone(睾酮),     通路富集分析主要涉及 pathways in cancer(癌症信号通
          度值分别为114、108、95、95、94、93。                          路)、PI3K-Akt signaling pathway(PI3K/Akt 信号通路)、
          2.1.4 蛋白质-蛋白质相互作用网络构建及分析                           FoxO signaling pathway(叉头框蛋白O信号通路)等。
              进一步将410个交集靶点导入String数据库构建蛋                     2.1.6 核心靶点的临床相关性分析
          白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网           本研究进一步利用 GEPIA 数据库分析 PPI 网络获
          络,设置物种为“homo sapiens”,阈值设置为“highest                得的10个核心靶点在DLBCL样本和健康人全血细胞样
          confidence(>0.9)”。将PPI网络导入Cytoscape 3.9.1软         本之间的表达差异。GEPIA数据库收集到47份DLBCL
          件进行可视化和分析。根据度值大小排序选取前 10 个                         样本和 337 份健康人全血细胞样本的相关数据,采用方
          靶点作为核心靶点,包括:肿瘤蛋白 53(tumor protein                  差分析比较各核心靶点在两组间表达水平的差异。如
          53,TP53)、Akt、E1A结合蛋白300、信号转导和转录激活                  表 1 所 示 ,核 心 靶 点 中 的 TP53、Akt、SRC、HDAC1、
          因子3、SRC、组蛋白脱乙酰基酶1(histone deacetylase 1,           CTNNB1、TNF在DLBCL样本中高表达(经多次检验校
                                  response to hormone                            pathways in cancer
                         cellular response to nitrogen compound
                      cellular response to organonitrogen compound              response to hormone
                                   response to peptide                      PI3K-Akt signaling pathway
                    enzyme-linked receptor protein signaling pathway
                                response to growth factor  BP             human cytomegalovirus infection
                               cellular response to peptide
                               apoptotic signaling pathway             human T-cell leukemia virus 1 infection  -log 10 (P value)
                        cellular response to growth factor stimulus                  hepatitis B         90
                              response to peptide hormone          kaposi sarcoma-associated herpesvirus infection
                               transcription factor binding                                              80
                        DNA-binding transcription factor binding           human papillomavirus infection  70
          RNA polymerase Ⅱ-specific DNA-binding transcription factor binding  -log 10 (P value)  proteoglycans in cancer
                                     kinase binding                                                      60
                                 protein kinase binding  40                        prostate cancer       50
                                   chromatin binding  MF  30                  FoxO signaling pathway
                  phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor
                                 protein kinase activity  20                   lipid and atherosclerosis  Count
                                     kinase activity    10                       cellular senescence
                            transcription coregulator binding  AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications  30
                             transcription regulator complex                                             40
                   RNA polymerase Ⅱ transcription regulator complex                 breast cancer        50
                             transcription repressor complex                                             60
                           plasma membrane protein complex                       endocrine resistance
                                     membrane raft                       thyroid hormone signaling pathway
                                membrane microdomain  CC
             transferase complex, transferring phosphorus-containing groups       pancreatic cancer
                                 plasma membrane raft                         chronic myeloid leukemia
                                 protein kinase complex
                                    receptor complex                  EGFR tyrosine kinase inhibitor resistance
                                            0     10 20 30 40 50                           30  40  50  60
                                               Counts                                         Counts
                          A. GO功能富集分析柱状图                                    B. KEGG通路富集分析气泡图
                            图1 西黄丸治疗DLBCL潜在靶点的GO功能和KEGG通路富集分析图
          中国药房  2026年第37卷第2期                                                 China Pharmacy  2026 Vol. 37  No. 2    · 163 ·
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