Page 75 - 《中国药房》2025年3期

1 000 mitochondrial translation 68（8.65%）
921
positive regulation of transcription by RNA polymerase Ⅱ 46（5.85%）
regulation of transcription by RNA polymerase Ⅱ 45（5.73%）
4 translation 38（4.83%）
750 negative regulation of transcription by RNA polymerase Ⅱ 36（4.58%）
667 上调：254 signal transduction 31（3.94%）
apoptotic process
差异蛋白数/个 500 上调 －log 10 P 2 无差异：7 763 positive regulation of transcription， DNA-templated 21（2.67%） biological
下调：667
23（2.93%）
regulation of transcription， DNA-templated
21（2.67%）
protein phosphorylation
process
下调
总数
21（2.67%）
cell adhesion
21（2.67%）
254 positive regulation of apoptotic process 21（2.67%）
250 negative regulation of transcription， DNA-templated 19（2.42%）
0 innate immune response 18（2.29%）
－4 －2 0 2 4 cell differentiation 18（2.29%）
0 log 2 FC mitochondrial inner membrane 53（6.21%）
51（5.98%）
mitochondrial matrix
A.差异蛋白筛选结果 B.火山图 extracellular region 48（5.63%）
Golgi apparatus
43（5.04%）
extracellular space 41（4.81%）
图3 GAA组与对照组的差异蛋白分析结果 chromatin 39（4.57%）
mitochondrial large ribosomal subunit 38（4.45%）
intracellular membrane-bounded organelle 31（3.63%）
endoplasmic reticulum membrane 30（3.52%） cellular
线粒体：290（31.49%） protein-containing complex 27（3.17%） component
细胞核：204（22.15%） cell surface 27（3.17%）
细胞外基质：138（14.98%） integral component of plasma membrane 121（14.19%）
细胞质：129（14.01%） Golgi membrane 96（11.25%）
细胞膜：106（11.51%） mitochondrial small ribosomal subunit 23（2.7%）
细胞质核：23（2.5%） perinuclear region of cytoplasm 21（2.46%）
neuronal cell body
过氧化物酶体：12（1.3%） lysosomal membrane 20（2.34%）
20（2.34%）
内质网：8（0.87%） dendrite 19（2.23%）
细胞骨架：4（0.43%） mitochondrial intermembrane space 18（2.11%）
高尔基体：2（0.22%） structural constituent of ribosome 58（7.95%）
线粒体核：2（0.22%） DNA binding 44（6.03%）
内质网线粒体：1（0.11%） RNA polymerase Ⅱ cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 42（5.75%）
溶酶体：1（0.11%） zinc ion binding 40（5.48%）
线粒体过氧化物酶体：1（0.11%） DNA-binding transcription factor activity，RNA polymerase Ⅱ-specific 38（5.21%）
protein homodimerization activity 34（4.66%）
DNA-binding transcription activator activity， RNA polymerase Ⅱ-specific 28（3.84%） molecular
calcium ion binding
图4 差异蛋白的亚细胞定位结果 DNA-binding transcription factor activity 27（3.7%） function
25（3.42%）
GTP binding 24（3.29%）
enzyme binding 23（3.15%）
3.2.4 差异蛋白的GO分析和KEGG信号通路分析结果 sequence-specific double-stranded DNA binding 22（3.01%）
protein kinase binding 20（2.74%）
chromatin binding
选取GO分析中P值排前50名的条目绘制富集条目 magnesium ion binding 20（2.74%）
19（2.6%）
ATP hydrolysis activity 18（2.47%）
柱形图（见图 5A），由图 5A 可知，生物过程主要集中在
0 5 10 15 20
线粒体蛋白翻译、RNA 聚合酶Ⅱ对转录的调控、蛋白翻 Percent/%
A. GO分析
译、凋亡、细胞粘连及分化；细胞组分主要集中在线粒体
apoptosis 14（3.09%）
lysosome
膜、基质、染色质、细胞膜；分子功能主要集中在核糖体 cellular senescence 11（2.43%） cellular processes
11（2.43%）
motor proteins 10（2.21%）
的构建、转录因子与 DNA 的结合等。选取排前 50 名的 PI3K-Akt signaling pathway 22（4.86%）
cytokine-cytokine receptor interaction 16（3.53%）
KEGG 信号通路绘制富集条目柱形图（见图 5B），由图 MAPK signaling pathway 15（3.31%）
13（2.87%）
TNF signaling pathway
NF-kappa B signaling pathway 12（2.65%） environmental information processing
5B可知，信号通路主要为PI3K/AKT（phosphoinositide 3- AMPK signaling pathway 11（2.43%）
Ras signaling pathway
10（2.21%）
Ribosome 39（8.61%）
kinase/protein kinase B，磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B）、 aminoacyl-tRNA biosynthesis 12（2.65%） genetic information processing
pathways of neurodegeneration-multiple diseases 46（10.15%）
MAPK（mitogen-activated protein kinase，促分裂原活化 amyotrophic lateral sclerosis 42（9.27%）
41（9.05%）
Alzheimer disease
huntington disease 40（8.83%）
prion disease
的蛋白质激酶）、TNF（tumor necrosis factor，肿瘤坏死因 Parkinson disease 37（8.17%）
37（8.17%）
chemical carcinogenesis -reactive oxygen species 35（7.73%）
子）、NF-κB（nuclear factor κB，NF-κB）、AMPK（AMP- diabetic cardiomyopathy 34（7.51%）
non-alcoholic fatty liver disease 31（6.84%）
pathways in cancer
activated protein kinase，AMP 活化的蛋白质激酶）、Ras human T-cell leukemia virus 1 infection 26（5.74%）
21（4.64%）
lipid and atherosclerosis 18（3.97%）
信号通路，主要涉及细胞凋亡、衰老、运动等细胞过程。 epstein-Barr virus infection 18（3.97%） human diseases
17（3.75%）
viral carcinogenesis
3.3 GAA对差异蛋白表达的影响结果 herpes simplex virus 1 infection 17（3.75%）
human papillomavirus infection
15（3.31%）
transcriptional misregulation in cancer 14（3.09%）
选取 FC 排前 3 名的蛋白 NDRG1、ERRFI1、CXCL3 fluid shear stress and atherosclerosis 13（2.87%）
Salmonella infection
13（2.87%）
central carbon metabolism in cancer 13（2.87%）
进行验证。与正常组比较，模型组细胞中 NDRG1、 pathogenic Escherichia coli infection 12（2.65%）
microRNAs in cancer 12（2.65%）
CXCL3 蛋白表达水平均显著升高，ERRFI1 蛋白表达水 Kaposi sarcoma-associated herpesvirus infection 12（2.65%）
alcoholic liver disease
12（2.65%）
chemical carcinogenesis-receptor activation 11（2.43%）
平显著降低（P＜0.05）；与模型组比较，阳性对照组和 breast cancer 11（2.43%）
oxidative phosphorylation 31（6.84%）
GAA各浓度组细胞中NDRG1、CXCL3蛋白表达水平均 biosynthesis of cofactors 17（3.75%） metabolism
carbon metabolism
13（2.87%）
fatty acid metabolism 10（2.21%）
显著降低（P＜0.05），ERRFI1 蛋白表达水平均显著升高 biosynthesis of amino acids 10（2.21%）
43（9.49%）
thermogenesis
retrograde endocannabinoid signaling 22（4.86%）
（P＜0.05）。与阳性对照组和GAA高浓度组比较，GAA osteoclast differentiation 13（2.87%） organismal systems
NOD-like receptor signaling pathway 12（2.65%）
IL-17 signaling pathway
中、低浓度组细胞中CXCL3蛋白表达水平均显著升高， complement and coagulation cascades 12（2.65%）
10（221%）
ERRFI1 蛋白表达水平显著降低（P＜0.05）。与阳性对 0 4 8 12 16
Percent/%
照组比较，GAA高、中、低浓度组细胞中NDRG1蛋白表 B. KEGG分析
达水平均显著升高（P＜0.05）。结果见图6。 图5 差异蛋白的GO分析和KEGG信号通路分析结果
中国药房 2025年第36卷第3期 China Pharmacy 2025 Vol. 36 No. 3 · 321 ·