Page 29 - 《中国药房》2024年21期

Row Z-score
2 ribosome
coronavirus disease -COVID-19 －log 10 （P value）
1 pathways in cancer
EGFR tyrosine kinase inhibitor resistance
0 4
MAPK signaling pathway
hypertrophic cardiomyopathy 3
－1
Apelin signaling pathway 2
－2 circadian rhythm
Ras signaling pathway
focal adhesion
count
PI3K-Akt signaling pathway
arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy 4
dilated cardiomyopathy 6
human T-cell leukemia virus l infection 8
AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications 10
calcium signaling pathway
12
proteoglycans in cancer
14
non-alcoholic fatty liver disease
toxoplasmosis 16
insulin resistance
CON-1 CON-2 CON-3 DOX-1 DOX-2 DOX-3 GDOX-1 GDOX-2 GDOX-3 4 富集倍数 8
6
A. DEGs的聚类热图 B. DEGs的KEGG富集分析
图1 各组小鼠心脏组织的转录组学分析结果
2.3.2 差异表达蛋白筛选与功能分析 富集得到 57 条代谢通路，其中有 15 条与心肌病及能量
首先采用 UniProt 数据库（https：//www.uniprot.org/） 代谢相关，主要涉及 Apelin 信号通路（Apelin signaling
和 NCBI 数据库（https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/）将肽段 pathway）、PI3K-Akt 信号通路（PI3K-Akt signaling path‐
序列与蛋白质匹配，用MaxQuant软件（版本号1.6.14）对 way）、丙酮酸代谢（pyruvate metabolism）等通路，详见
所有蛋白质进行鉴定和定量分析，以肽段和蛋白的错误 图2B。
发生率（false discovery rate，FDR）≤0.01 为条件分别筛 2.4 小鼠心脏组织的转录组学与蛋白质组学联合分析
选可信肽段和蛋白质，获得的数据按照FC＞1.2或FC＜ 将“2.2”和“2.3”项下筛选得到的DEGs和DEPs所富
0.8 为条件筛选差异表达蛋白（differentially expressed 集到的通路导入 Draw Venn Diagram 网站（https：//bioin‐
proteins，DEPs）。结果显示，与 CON 组比较，DOX 组上 formatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/）进一步取交集，
调而 GDOX 组下调的 DEPs 有 86 个；同时，DOX 组下调 得到 6 条转录组学与蛋白质组学的共同通路，分别为
而GDOX组上调的DEPs有114个。通过层次聚类算法 Apelin信号通路、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗、糖尿
对各组小鼠心脏组织的DEPs进行归类（图2A），结果显 病并发症中晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）
示，各组内的 DEPs 相似，而组间有明显的差异。采用 信号通路、肥厚型心肌病和扩张型心肌病，其中以Apelin
DAVID 数据库对得到的 DEPs 进行 KEGG 富集分析，共 信号通路和 PI3K-Akt 信号通路中富集到的基因数目最
Row Z-score
2 Apelin signaling pathway
ECM-receptor interaction
1
insulin signaling pathway －log 10 （P value）
0 7
PI3K-Akt signaling pathway
6
－1 glucagon signaling pathway 5
pyruvate metabolism 4
－2
diabetic cardiomyopathy 3
2
hypertrophic cardiomyopathy
AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications
count
thyroid hormone signaling pathway 10
regulation of actin cytoskeleton 20
metabolic pathways
dilated cardiomyopathy
fatty acid metabolism
insulin resistance
CON-1 CON-2 CON-3 DOX-1 DOX-2 DOX-3 GDOX-1 GDOX-2 GDOX-3 2.5 5.0 7.5 10.0
富集倍数
A. DEPs的聚类热图 B. DEPs的KEGG富集分析
图2 各组小鼠心脏组织的蛋白质组学分析结果

中国药房 2024年第35卷第21期 China Pharmacy 2024 Vol. 35 No. 21 · 2599 ·