Page 43 - 《中国药房》2022年15期

3.5 肠道菌群测序及分析结果 1.00
3.5.1 测序样本合理性考察结果 稀释曲线是评估 Patescibacteria
Spirochaetes
OTUs数量是否趋近于饱和以及样品物种丰富程度的重 0.75 Cyanophyta
Deferribacteres
要指标，Shannon 曲线是根据各样本测序量在不同测序 相对丰度 0.50 Others
ε-Proteobacteria
深度时的微生物多样性指数所绘制的曲线 。本研究 Tenericutes
[15]
Bacteroidetes
收集了空白对照组、模型组、QJHGD治疗组共30只大鼠 0.25 Actinobacteria
Proteobacteria
的小肠内容物样本，通过微生物稀释曲线图、Shannon曲 Firmicutes
0
线图考察测序样本的合理性，结果见图3。由图3可见， 空白对照组 模型组 QJHGD治疗组
稀释曲线和 Shannon 曲线均逐渐趋向平坦，各样本有效 A.门水平
序列大于 70 000，观测到的 OTUs 数量约为 1 000，这表 1.00
Clostridium
明本研究测序数据量足够大，可以反映样本中绝大多数 Lachnospiraceae_
NK4A136 group
的微生物信息。 0.75 Prevotella Shan
and Collins
Lactobacillus
1 000 Gut_metagenome
相对丰度 0.50 Escherichia-Shigella
750 Ruminococcus
Bacteroides
OTUs数量 500 0.25 Clostridium
Rothia
Eubacterium prévot
250 0
空白对照组 模型组 QJHGD治疗组
0 B.属水平
0 10 000 20 000 30 000 40 000 50 000 60 000 70 000
随机抽取的测序数据量 图4 各组样本在门水平和属水平上的物种组成分布
A.稀释曲线图
在门水平上，样本肠道菌群涉及厚壁菌门 Fir-
5 空白对照组 模型组
空白对照组 模型组
空白对照组 模型组 micutes、变形菌门 Proteobacteria、拟杆菌门 Bacteroide-
4 空白对照组 模型组
空白对照组 模型组 tes、放线菌门 Actinobacteria、软壁菌门 Tenericutes、ε-变
Shannon指数 3 2 空白对照组 QJHGD治疗组 形菌门ε-Proteobacteria、蓝藻门 Cyanophyta、髌骨菌门
空白对照组
QJHGD治疗组
QJHGD治疗组
空白对照组
QJHGD治疗组
空白对照组
空白对照组
模型组 QJHGD治疗组 Patescibacteria、脱 铁 杆 菌 门 Deferribacteres、螺 旋 体 门
QJHGD治疗组
1 模型组 QJHGD治疗组 Spirochaetes等。其中，厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和
模型组 QJHGD治疗组
模型组 QJHGD治疗组
0 模型组 QJHGD治疗组 放线菌门是各组大鼠肠道菌群门水平的主要构成物种。
0 10 000 20 000 30 000 40 000 50 000 60 000 70 000 在空白对照组、模型组、QJHGD 治疗组中，厚壁菌门的
随机抽取的测序数据量
B. Shannon曲线图 相对丰度分别为 56.2％、55.1％、50.2％，变形菌门的相
图3 测序数据量合理性评估图 对丰度分别为33.3％、20.5％、2.3％，拟杆菌门的相对丰
3.5.2 组间群落结构差异检验 基于 Bray-Curtis 算法 度分别为4.4％、17.2％、40.2％，放线菌门的相对丰度分
对微生物结构组间差异进行 Anosim 非参数检验，结果 别为4.8％、3.9％、6.9％。
表明，空白对照组、模型组、QJHGD 治疗组大鼠小肠内 在属水平上，各组样本相对丰度较高的菌属为拟杆
容物样本两两比较，P值均小于0.01，相关变量系数R 分 菌属 Bacteroides、真杆菌属 Eubacterium prévot、普雷沃
2
别为 0.546（空白对照组 vs. 模型组）、0.681（模型组 vs. 氏菌属Prevotella Shan and Collins、乳酸杆菌属Lactoba-
QJHGD治疗组）、0.898（空白对照组 vs. QJHGD治疗组）， cillus、瘤胃球菌属 Ruminococcus、埃希氏-志贺氏菌属
均大于0，提示这3组样本组间差异明显，分组合理有意义。 Escherichia-Shigella、梭状芽孢杆菌属 Clostridium、罗斯
3.5.3 OTUs 分析和菌群组成分析 对 30 个小肠内容 氏 菌 属 Rothia、毛 螺 菌 科 NK4A136 组 Lachnospira-
物样本进行高通量测序分析，得到 2 361 942 条测序数 ceae_NK4A136group 等。其中，真杆菌属、普雷沃氏菌
据 ，每 个 样 品 平 均 78 731 条 ，共 聚 类 得 到 2 620 个 属、乳酸杆菌属和瘤胃球菌属是各组大鼠肠道菌群属水
OTUs。其中，空白对照组和模型组共有的OTUs数量为 平的主要构成物种。在空白对照组、模型组、QJHGD治
1 377 个，模型组和 QJHGD 治疗组共有的 OTUs 数量为 疗组中，真杆菌属的相对丰度分别为 28.5％、40.2％、
675 个。经鉴定，小肠内容物样本中的肠道菌群涉及 16 36.1％，普雷沃氏菌属的相对丰度分别为6.3％、19.5％、
个门、211个属。根据物种注释结果，选取各组在门水平 33.7％，乳酸杆菌属的相对丰度分别为 9.4％、10.1％、
和属水平上相对丰度排名前10位的菌群，得到菌群相对 21.3％，瘤胃球菌属的相对丰度分别为 14.1％、4.6％、
丰度堆积柱形图，具体见图4。 0.9％。

中国药房 2022年第33卷第15期 China Pharmacy 2022 Vol. 33 No. 15 ·1829 ·