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A组 B2(7 d)
0.95
B4(14 d)
0.9
A1(14 d)
0.85
B3(7 d)
B5(14 d)
B组 B6(14 d)
C5(14 d)
B1(7 d)
C1(7 d)
C6(14 d)
C组 C2(7 d)
C3(7 d)
C4(14 d)
造模后7 d 造模后14 d A2(14 d)
A. HE染色 A3(14 d)
B2 ( 7 d ) B4 ( 14 d ) A1 ( 14 d ) B3 ( 7 d ) B5 ( 14 d ) B6 ( 14 d ) C5 ( 14 d ) B1 ( 7 d ) C1 ( 7 d ) C6 ( 14 d ) C2 ( 7 d ) C3 ( 7 d ) C4 ( 14 d ) A2 ( 14 d ) A3 ( 14 d )
图3 样本相关性检验结果
A组
Fig 3 Correlation test results of samples
in each set”表示各组鉴定到的差异基因的总数,“num-
ber of each intersection”表示多个比较组鉴定到的共有
B组
差异基因的数目;横坐标的单一“·”表示该组鉴定到的
特有差异基因的数目,横坐标多个“·”之间的连线所对
应的“number of each intersection”表示连线连接的多个
C组 比较组鉴定到的共有差异基因的数目)。结果,A 组和
B7 d组、A组和B14 d组、B7 d组和C7 d组、B14 d组和C14 d组大鼠
比较,分别涉及 DEGs 886、1 404、70、66 个,详见表 2;涉
造模后7 d 造模后14 d
B.尼氏染色 及 Ncmap、Prx、Gabrq、Gabrg2 等基因,部分 DEGs 筛选
图1 染色结果(×400) 结果见表3。
Fig 1 Results of staining(×400) 3.4 生物信息学分析
由于生物过程条目众多,故本研究根据P值大小将
排序前 10 位的 GO 富集结果进行展示,详见图 5(图中,
4
CC 为细胞部位,MF 为分子功能,BP 为生物过程;MHC
为主要组织相容性复合体,LUBAC 为线性泛素装配复
合体,IFN-γ为γ干扰素,CRLF 为细胞因子受体样因子,
2 CLCF1为心肌营养素样细胞因子1,CNTFR为睫状神经
营养因子受体,GABA 为γ-氨基丁酸)。根据 FDR 值
lgFPKM (FDR即未发现率,一般取值范围为0~1,越接近于零则
[15]
表示富集越显著 )大小将排序前20位的KEGG富集结
0
果(P<0.05)进行展示,详见图 6(图中,HLTV-1 为人类
嗜 T 淋巴细胞病毒 1,CAMs 为细胞黏附因子,TNF 为肿
瘤坏死因子,FoxO为叉头框蛋白O,PPAR为过氧化物酶
-2 体增殖物激活受体)。
3.4.1 A 组与 B 组 GO 富集分析结果(图 5A、5B)显
A1 ( 14 d ) A2 ( 14 d ) A3 ( 14 d ) B1 ( 7 d ) B2 ( 7 d ) B3 ( 7 d ) B4 ( 14 d ) B5 ( 14 d ) B6 ( 14 d ) C1 ( 7 d ) C2 ( 7 d ) C3 ( 7 d ) C4 ( 14 d ) C5 ( 14 d ) C6 ( 14 d ) 示,A、B 组 DEGs 富集的 BP 主要与免疫系统过程、生物
过程调节、应激反应、细胞激活等有关,具体包括免疫应
图2 FPKM密度分布小提琴图
答、防御反应、对细胞因子的反应等。两组DEGs富集的
Fig 2 Violin chart of FPKM density distribution
CC 主要为细胞外区、细胞膜、细胞表面等部位,还涉及
在此基础上,对各组间的DEGs进行筛选,各组差异 到MHC蛋白复合物、炎症复合物(A组vs. B7 d组)和受体
分析共有、特有 DEGs 的 Upser 图见图 4(图中,“number 复合物(A 组 vs. B14 d组)、溶酶体(A 组 vs. B 组)等。在
·1330 · China Pharmacy 2020 Vol. 31 No. 11 中国药房 2020年第31卷第11期