Page 13 - 《中国药房》2024年14期
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证阳性阈值及判读标准 。受试者工作特征曲线(re‐ 致病理论还需深入探讨,但随着深度测序技术的广泛应
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ceiver operating characteristic curve,ROC)分析是一种可 用,这种现象可能将在临床上得到更多的验证 。在一
用于确定已知结果的临床样本训练集最佳阈值的有用 份无菌部位来源的临床样本(尤其脓肿)中检出微生物
工具,并能使用独立的验证集验证预先设定的阈值。由 种群(包括不同类别或同类不同种属)不应轻易视为污
于病毒极少存活于环境中,因此,检出少量的病毒特异 染。如果这些微生物的存在符合临床诊断,应给予抗菌
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序列即可判为阳性(如少于 3 条特异序列) 。可通过 药物全覆盖。
NTC 样本监控背景菌,避免报出与临床不相关的环境 6.5 不可培养或难培养微生物的结果验证
菌、共生菌及条件致病菌等。一般reads越多,病原微生 mNGS 的检测范围为样本中所有病原微生物的核
物的可能性越大(如数十条特异序列)。对于结核分枝 酸序列,包括不可培养或难培养微生物。这类病原微生
杆菌、鼠疫耶尔森菌、布鲁菌等临床关注度高且较难检 物不能通过传统培养方法再现,且同样缺乏血清学或抗
测的病原菌可采用独立的判读标准,检出1条特异序列 原检测方法。除病毒、螺旋体、立克次体、寄生虫外,这
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即可判为阳性 。寄生虫基因组因较为复杂,且与人源 些微生物可通过核酸检测方法进行验证,例如第一代测
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基因组相似,应在严格确认序列特异性之后再行判 序技术 。
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读 。如果检出序列为新发物种,则可不受阈值限制, 6.6 致病菌、定植菌和污染菌的判读
但需给出同源性比对结果。 当确定条件致病菌为病原菌时,应结合患者的免疫
对于耐药基因的分析判读,可考虑综合抗生素耐药 状态、基础疾病及样本来源综合考虑。若出现大量背景
性 数 据 库(Comprehensive Antibiotic Resistance Data‐ 菌或杂菌序列而无主导微生物时,应首先考虑样本污
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base,CARD) 等抗性基因数据库,数据库会给出耐药 染,其次考虑条件致病菌 。如果是外科手术或其他有
基因在不同物种中的分布情况;另外,应充分结合病原 创操作后的无菌部位样本,菌种单一、reads可能不多时,
微生物检出的丰度及比对情况进行物种推断,必要时进 应结合临床考虑院内感染,此时应与背景菌区分,不可
行进一步的比对验证或结合药敏测试结果判断。对于 一味认为样本受到污染。对于不同的样本类型,同样的
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mNGS,由于受人源核酸影响较大,并且检测病原靶标更 reads 可能有截然不同的解读方式 。mNGS 检测结果
多,往往需要更大的数据量才能检测到耐药基因,病原 为阴性,虽对排除感染有意义,但也应结合临床表现做
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微生物丰度越高,耐药基因被检测到的概率越大。对于 出正确的解读 。
tNGS,由于受人源影响较小,并且该技术会针对耐药基 6.7 高度传染性微生物的处理要求
因设计特异性引物或探针进行捕获,较小的数据量即可 针对具有高度传染性的特殊病原微生物,实验室应
满足检测要求。相比于 NGS,纳米孔测序的读长更长, 根据卫生行政部门的相关规定制定特殊报告程序,检测
其对耐药基因的比对定位更精确,因此在耐药检测方面 结果应上报疾病预防控制中心。如出现疑似 O1 群或
的准确度更高。 O139群霍乱弧菌、鼠疫耶尔森菌、埃博拉病毒或新型病
6.3 检测结果验证 原微生物等,应尽快采用其他方法验证,如PCR、血清学
如果检出的微生物符合疾病特征,则可能是引起感 方法等;如果验证结果与测序结果一致,应迅速报告给
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染的病原微生物,但不能只根据reads的多少进行确认, 临床和疾病预防控制中心 。
推荐意见荐意见 6::由于纳米孔测序读长较长由于纳米孔测序读长较长,,且采用且采用
还应考虑序列在基因组上的覆盖度、特异性等因素,并 推
通过交叉污染系数考察同一批样本的交叉污染情况。 PCR-free 的测序过程的测序过程,,提高了原始样本的序列保真度提高了原始样本的序列保真度,,
少
另外,还可通过 PCR 等方法对病原微生物进行验证,如 少数序列所反映的病原检测结果的准确性相比短读长数序列所反映的病原检测结果的准确性相比短读长
呼吸道样本中的流感病毒、腺病毒及COVID-19等,粪便 的 的NGS更高更高。。因此因此,,对于纳米孔测序检出对于纳米孔测序检出reads较少的较少的
病原微生物原微生物,,也应结合患者临床表现也应结合患者临床表现、、病原微生物特性病原微生物特性、、
样本中的志贺菌、沙门菌及诺如病毒等,脑脊液中的肠 病
样本类型及实验室环境等情况综合评估。。
道病毒、单纯疱疹病毒及西尼罗病毒等,血液中的布鲁 样本类型及实验室环境等情况综合评估
菌、巴尔通体及人类免疫缺陷病毒等。如果检出 reads 7 结语
多的某种未命名微生物,应高度警惕新物种的出现 。 本共识对于纳米孔测序应用于感染性疾病病原微
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6.4 无菌部位样本检出微生物种群的解读 生物检测的各个流程进行了规范建议,希望能促进该技
无菌部位脓肿样本可见多种病原微生物共检出现 术的临床应用和良性发展。目前,纳米孔测序历经多代
象。例如,脑脓肿、颈间隙脓肿、咽旁脓肿、口腔脓肿等 更迭,性能也趋于优化与稳定,但进一步提升准确度、降
部位样本所检出的微生物 reads 均可能达到阳性阈值, 低测序成本仍然是其主要挑战。相信随着纳米孔测序
且多数为严格厌氧菌与兼性厌氧菌共生。此类疾病由 平台的不断完善与测序成本的不断下降,纳米孔测序利
一个种群的微生物或一个微生物生态系统引起,与Koch 用平台自身灵活便携、适合院内外检测的独特优势,将
法则中一种病原菌引起一种疾病不同。尽管这种种群 在现场病原微生物检测、临床感染微生物学诊断以及实
中国药房 2024年第35卷第14期 China Pharmacy 2024 Vol. 35 No. 14 · 1679 ·