Page 48 - 《中国药房》2022年11期
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性,结果见表2(表中,1 kcal=4.184 kJ)。在PubChem数
据库下载山豆根活性成分的 3D 结构,在 PDB 蛋白数据
库(https://www.rcsb.org/)下载核心靶点的结构,并对活
性成分进行去除水分子以及加氢处理,借助Dockthor平
台(https://dockthor.lncc.br/v2/)进行在线分子对接,采用
Pymol 软件将结合能力较好的对接结果进行可视化处
理,结果见图3。
表2 山豆根抗鼻咽癌核心靶点与潜在活性成分的分子
对接测试结果
分子对接结合能/ 分子对接结合能/
核心靶点 活性成分 核心靶点 活性成分
(kcal/mol) (kcal/mol)
EGFR 染料木素 -7.121 PIK3CA 高丽槐素 -7.360
苦参酮 -8.131 山豆根色烯素 -7.998
槲皮素 -6.901 越南槐醇 -8.271
山豆根色烯素 -8.561 苦参酮 -7.069
MAPK1 高丽槐素 -8.284 AKT1 越南槐醇 -8.061
山豆根素 -8.307 槲皮素 -7.473
山豆根色烯素 -7.981 MAPK8 苦参酮 -7.839
注:图中节点越大表示其在网络中越重要 越南槐醇 -8.005 MAPK3 越南槐醇 -7.562
图2 山豆根抗鼻咽癌的PPI网络图 苦参酮 -7.069 SRC 槲皮素 -8.393
JAK3 高丽槐素 -7.567 PTK2 槲皮素 -7.467
对山豆根抗鼻咽癌化学成分-靶点网络分析发现, MAP2K1 越南槐醇 -7.865
整个网络的平均 Degree 值为 3.5,网络中大于平均 De-
一般认为配体与受体结合的构象稳定时,发生作用
gree值的化学成分分别为越南槐醇、槲皮素、山豆根素、
的可能性越大;并且当结合能<-7.0 kcal/mol 时,两者
苦参酮、染料木素、山豆根色烯素、高丽槐素。由此推
具有较好的结合活性,且结合能越低,对接效果越
测,这几种成分可能是山豆根抗鼻咽癌的潜在活性
[14]
好 。由表 1 可知,山豆根核心靶点与其对应的潜在活
成分。
性成分的结合能均低于-7.0 kcal/mol,表明这些成分均
由图2可知,图中Degree值排名前10位的靶点分别
具有一定的抗鼻咽癌活性。
是 SRC、PIK3CA、MAPK1、MAPK3、AKT1、MAPK8、
2.3 山豆根潜在活性成分对鼻咽癌细胞增殖活性的
MAP2K1、PTK2、EGFR、JAK3。由此推测,这些靶点可
能是山豆根抗鼻咽癌的核心靶点。 影响
2.2 山豆根抗鼻咽癌核心靶点与潜在活性成分的分子 2.3.1 细胞培养 将人鼻咽癌CNE-1细胞复苏,接种于
对接测试 培养瓶中,使用含 10%胎牛血清、1%双抗的 RPMI1640
采用半柔性对接方式,将“2.1”项下筛选的山豆根抗 培养基在 37 ℃、5%CO2的细胞培养箱中培养,隔夜换
鼻咽癌核心靶点与潜在活性成分进行分子对接测试,并 液,并观察细胞的生长状况,当细胞处于对数生长期时,
计算活性成分与核心靶点间的结合能,评估其结合活 进行细胞增殖实验。
A.山豆根素-MAPK1 B.槲皮素-SRC C.山豆根色烯素-EGFR D.越南槐醇-PIK3CA
E.苦参酮-EGFR F.高丽槐素-MAPK1 G.越南槐醇-MAPK1 H.越南槐醇-AKT1
图3 山豆根抗鼻咽癌潜在活性成分与关键靶蛋白的分子对接可视化图
·1322 · China Pharmacy 2022 Vol. 33 No. 11 中国药房 2022年第33卷第11期