Page 51 - 《中国药房》2021年24期

1.7 分子对接分析
利用药物分子靶点 ZINC 数据库（http：//zinc.doc-
king.org/）获得丹参活性成分的三维（3D）结构，利用蛋
白质结构 PDB 数据库（https：//www.rcsb.org/）获得交叉
靶点的3D结构。根据以下条件进行筛选：（1）该生物体
来自人类（homo sapiens）；（2）通过X射线衍射得到蛋白质
结构；（3）蛋白质的晶体分辨率小于3 Å（1 Å＝10 －10 m）。通
过AutoDock 1.5.6分子对接工具对选择出的活性成分和
靶点蛋白进行加氢、加电荷处理，然后计算结合能 ，通
[18]
过 AutoDock 1.5.6 工具的 Autogrid 4 插件设置网格框坐
标 ，将 蛋 白 设 置 为 刚 性 、配 体 设 置 为 柔 性 ，然 后 在
AutoDock 1.5.6 分子对接工具中进行对接，并采用 Py-
Mol 2.3.2软件可视化展示分子对接结果。
2 结果
2.1 丹参活性成分的筛选结果
利用 TCMSP 数据库，在设定的过滤条件下，从 202
种丹参成分中筛选出41种活性成分。经过SwissADME
数据库筛选后，获得38种高胃肠道吸收的丹参活性成分
用于后续分析，详见表1。
2.2 丹参活性成分靶点基因的筛选结果
将“2.1”项下所得38种高胃肠道吸收的丹参活性成
分导入 TCMSP 数据库中，结合 Perl 数据库和 UniProt 数
据库，共获取到丹参活性成分的靶点基因72个。
2.3 PAA相关靶点基因的筛选结果
经过筛选后，从 GeneCards 数据库中获得 502 个
PAA相关靶点基因，从OMIM数据库中获得550个PAA
相关靶点基因，从 PubMed 数据库中获得 104 个 PAA 相
关靶点基因。根据3个在线数据库的综合信息，去除重
复靶点基因后，共得到755个与PAA相关的靶点基因。
2.4 成分-疾病交叉靶点的筛选结果
在获得 PAA 相关靶点基因和丹参活性成分靶点基
因后，绘制Venn图（图1），共筛选出33个交叉靶点，包括
原癌基因蛋白 c-Fos（FOS）、淀粉样前体蛋白（APP）、乙
酰胆碱酯酶（ACHE）、胱天蛋白酶 3（CASP3）和前列腺
素G/H合酶2（PTGS2）等。
2.5 网络构建与分析结果
活性成分预测靶点网络显示，单个靶点可以由多种
活性成分共同调节以触发生物效应（图2），如丹参酮Ⅱ A
受FOS、APP、CASP3、ACHE、PTGS2等的调节。
PAA 相关靶点网络结果显示，PAA 受 755 个靶点基
因的调控（图3）。
活性成分-PAA相关靶点网络结果显示，丹参酮ⅡA、
二氢丹参内酯均有15条边，4-亚甲基米酮有14条边，鼠
尾草酚酮有 13 条边，2-异丙基-8-甲基菲-3，4-二酮有 12
条边，丹参新醌 D、异隐丹参酮及新隐丹参酮Ⅱ有 11 条
边（图 4）。边数越多，说明与该活性成分相互作用的
PAA靶点越多，故丹参酮Ⅱ A、二氢丹参内酯可能是该网
中国药房 2021年第32卷第24期
表1 38种高胃肠道吸收的丹参活性成分的汇总信息
Tab 1 A list of 38 kinds of active components of S.
miltiorrhiza with high gastrointestinal absorp-
tion
Caco-2细胞 胃肠道
序号 TCMSP编号 活性成分（英文名称） OB，％ DL
渗透性 吸收度
1 MOL002222 柳杉酚（sugiol） 36.11 0.28 1.14 高
2 MOL002651 去氢丹参酮ⅡA （dehydrotanshinone ⅡA） 43.76 0.40 1.02 高
3 MOL007041 2-异丙基-8-甲基菲-3，4-二酮（2-isopropyl-8- 40.86 0.23 1.23 高
methylphenanthrene-3，4-dione）
4 MOL007045 3α-羟基丹参酮Ⅱ A （3α-hydroxytanshinoneⅡ A ） 44.93 0.44 0.53 高
5 MOL007049 4-亚甲基米酮（4-methylenemiltirone） 34.35 0.23 1.25 高
6 MOL007061 次甲丹参醌（methylenetanshinquinone） 37.07 0.36 1.03 高
7 MOL007069 紫丹参素C（przewaquinone C） 55.74 0.40 0.42 高
8 MOL007077 香紫苏醇（sclareol） 43.67 0.21 0.84 高
9 MOL007081 丹参醇B（danshenol B） 57.95 0.56 0.53 高
10 MOL007085 沙维酮（salvilenone） 30.38 0.38 1.46 高
11 MOL007088 隐丹参酮（cryptotanshinone） 52.34 0.40 0.95 高
12 MOL007094 丹参螺旋酮内酯（danshenspiroketallactone） 50.43 0.31 0.88 高
13 MOL007098 脱氧基新隐丹参酮（deoxyneocryptotanshinone） 49.40 0.29 0.85 高
14 MOL007105 表丹参螺缩酮内酯（epidanshenspiroketallactone） 68.27 0.31 0.90 高
15 MOL007107 C09092 36.07 0.25 1.63 高
16 MOL007111 异丹参酮Ⅱ（isotanshinone Ⅱ） 49.92 0.40 1.03 高
17 MOL007115 泪杉醇（manool） 45.04 0.20 1.28 高
18 MOL007118 微甾醇（microstegiol） 39.61 0.28 1.05 高
19 MOL007122 丹参新酮（miltirone） 38.76 0.25 1.23 高
20 MOL007124 新隐丹参酮Ⅱ（neocryptotanshinone Ⅱ） 39.46 0.23 0.76 高
21 MOL007149 NSC 122421 34.49 0.28 1.08 高
22 MOL007154 丹参酮ⅡA （tanshinone ⅡA） 49.89 0.40 1.05 高
23 MOL007036 5，6-二羟基-7-异丙基-1，1-二甲基-2，3-二氢菲- 33.77 0.29 1.19 高
4，1（5，6-dihydroxy-7-isopropyl-1，1-dimethyl-
2，3-dihydrophenanthren-4-one）
24 MOL007093 丹参新醌D（danshenxinkum D） 38.88 0.55 0.67 高
25 MOL007100 二氢丹参内酯（dihydrotanshinlactone） 38.68 0.32 1.26 高
26 MOL007108 异隐丹参酮（isocryptotanshi-none） 54.98 0.39 0.93 高
27 MOL007120 丹参酚醌Ⅱ（miltionone Ⅱ） 71.03 0.44 0.62 高
28 MOL001942 异欧前胡素（isoimperatorin） 45.46 0.23 0.97 高
29 MOL007079 丹参醛（tanshinaldehyde） 52.47 0.45 0.57 高
30 MOL007101 二氢丹参酮Ⅰ（dihydrotanshinone Ⅰ） 45.04 0.36 0.95 高
31 MOL007121 丹参环庚三烯酚酮（miltipolone） 36.56 0.37 0.50 高
32 MOL007145 鼠尾草酚酮（salviolone） 31.72 0.24 1.04 高
33 MOL007156 丹参酮Ⅵ（tanshinone Ⅵ） 45.64 0.30 0.48 高
34 MOL001601 1，2，5，6-四氢丹参酮（1，2，5，6-tetrahydrotan- 38.75 0.36 0.96 高
shinone）
35 MOL007058 醛基丹参酮（formyltanshinone） 73.44 0.42 0.54 高
36 MOL007127 1-甲基-8，9-二氢-7H-萘并[5，6-g]苯并呋喃-6， 34.72 0.37 0.50 高
10，11-三酮（1-methyl-8，9-dihydro-7H-naphtho
[5，6-g]benzofuran-6，10，11-trione）
37 MOL007143 鼠尾草呋萘嵌苯Ⅰ（salvilenone Ⅰ） 32.43 0.23 1.13 高
38 MOL007155 （6S）-6-（羟甲基）-1，6-二甲基-8，9-二氢-7H- 65.26 0.45 0.44 高
萘并[8，7-g]苯并呋喃-10，11-二酮{（6S）-6-
（hydroxymethyl）-1，6-dimethyl-8，9-dihydro-
7H-naphtho[8，7-g]benzofuran-10，11-dione}
络中的重要节点。
交叉靶点的PPI网络结果显示，该网络由33个节点
和174条边组成（图5）。其中，FOS有23条边，APP有19
条边，ACHE 有 16 条边，CASP3 和 PTGS2 均有 15 条边，
雌激素受体 1（ESR1）、5-羟色胺受体 3A（HTR3A）、Myc
原癌基因蛋白（MYC）、信号转导和转录激活因子 3
China Pharmacy 2021 Vol. 32 No. 24 ·2989 ·