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能力，结合能小于 0 则表示配体与受体能够自发结合， 网络拓扑学分析结果显示，该网络中节点度值大于
且其值越小表示两者的结合活性越高 。采用 PyMOL 平均度值（23.318）的核心靶点基因共有 24 个，度值、介
[14]
2.3软件进行对接结果的可视化展示（本文仅对结合能 数中心性、接近中心性同时排名前10位的核心靶点基因
从小到大排名前 6 位的化合物的对接结果进行可视化 分别为 VEGFA、TP53、IL6、CASP3、JUN、MMP9、STAT3、
展示）。 TNF、MAPK8和PTGS2，其拓扑学分析结果见表1。
2 结果 表 1 熊果酸治疗 OP 作用的核心靶点基因的拓扑学分
2.1 熊果酸与OP相关靶点基因的筛选结果 析结果（排名前10位）
经检索及汇总删重后，共获得熊果酸相关靶点基因 Tab 1 Topological analysis result of core target gene
55 个；在 GeneCards 数据库中共检索到 OP 相关靶点基 of ursolic acid in treatment of OP（top 10）
因 4 273 个。将上述靶点基因输入 Venny 2.1 软件中，共 核心靶点基因 度值 介数中心性 接近中心性
VEGFA 38 79.957 74 40.5
得到成分-疾病的共有靶点基因44个，详见图1。 TP53 38 97.059 37 40.5
OP 熊果酸 IL6 36 85.290 57 39.5
CASP3 36 65.389 27 39.5
JUN 36 66.255 98 39.5
MMP9 35 50.317 75 39.0
4 229 44 11
（98.7％） （1％） （0.3％） STAT3 35 47.803 22 39.0
TNF 35 38.348 47 39.0
MAPK8 35 40.741 08 39.0
PTGS2 33 38.681 16 38.0
图1 熊果酸与OP共有靶点基因筛选的韦恩图 2.3 GO功能富集分析结果
Fig 1 Venn diagram of screening common target 按校正后 P 值小于 0.05 的标准进行筛选，共富集到
genes of ursolic acid and OP GO 功能条目 340 个，BP、MF、CC 分别有 263、25、52 个。
其中，BP主要涉及凋亡过程的负调控（15个）、细胞增殖
2.2 共有靶点基因 PPI 网络构建及核心靶点基因筛选
的负调控（13个）、凋亡进程（13个）、细胞增殖的正调控
结果
（13个）、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控（13个）、药
成分-疾病共有靶点基因的 PPI 可视化网络见图 2。
物反应（12个）等；CC主要涉及胞质溶胶（30个）、细胞核
由图2可见，该网络中共有节点44个、边513条，平均节
（29个）、细胞质（28个）、质膜（20个）等；MF主要涉及蛋
点度值为23.3。网络中未出现孤立节点，且各节点之间
白质结合（47个）、相同蛋白质结合（13个）、蛋白激酶结
连通性良好，表明熊果酸可通过多靶点的协同调控发挥
合（11个）、蛋白质异二聚化活性（11个）、蛋白质同二聚
其治疗OP的作用。
化活性（11 个）等。GO 功能富集分析的气泡图（校正后
P值排名前20位）见图3。
2.4 KEGG通路富集分析结果
按校正后 P 值小于 0.05 的标准进行筛选，共富集到
KEGG 信号通路 90 条。校正后 P 值排名前 20 位的条目
的可视化展示结果见图 4，其具体信息见表 2。由图 4、
表2可知，熊果酸治疗OP的潜在靶点包括癌症通路、乙
型肝炎、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、磷脂酰肌醇3激
酶/蛋白激酶 B（PI3K/Akt）信号通路、人类嗜 T 淋巴细胞
白血病病毒Ⅰ型（HTLV-Ⅰ）感染等多条通路。
2.5 成分-核心靶点基因编码蛋白的分子对接结果
熊果酸与核心靶点基因 CASP3、IL6、MAPK8、JUN、
TP53、VEGFA 编码蛋白的结合能分别为－5.20、－5.43、
－6.68、－5.80、－6.89、－5.36 kcal/mol（1 kcal＝4.186
kJ），均低于－5 kacl/mol，这提示熊果酸与核心靶点基因
编码蛋白之间有较强的结合活性 。以熊果酸与 TP53
[15]
基因编码蛋白（p53）的结合为例，两者的结合能为－6.89
kcal/mol，熊果酸与 p53 的氨基酸残基 GLY-1683 可通过
图2 成分-疾病共有靶点基因的PPI可视化网络图 氢键连接（作用距离为 2.5 Å），可得到较为稳定的复合
Fig 2 PPI visual network of component-disease com- 物。熊果酸与核心靶点基因编码蛋白的分子对接结果
mon target gene （结合能排名前6位）见图5。

·2068 · China Pharmacy 2021 Vol. 32 No. 17 中国药房 2021年第32卷第17期