Page 72 - 《中国药房》2025年12期

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按照“类药性五原则”筛选核心成分 。将上述所得成分 的“磷酸化”与 MF 项的“磷酸酶结合”指向磷酸化途径，
去重、合并，共得104个核心成分。 KEGG 富集通路项的“NF-κB 信号通路”是重要的炎症
借助 SwissTargetPrediction 数据库，以可能性≥0.1 通路 。
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为标准筛选上述核心成分的靶点 ，共得 970 个核心成 细胞对氮化合物的应答
磷酸化
分靶点。 细胞迁移的正调控
对外部刺激反应的正调控
行为
2.1.2 疾病靶点预测及药物-疾病交集靶点的获取 系统过程的调控 BP
炎症反应
以“Alzheimer’s disease”为关键词，在 GeneCards 数 对异生物质刺激的应答
激素水平的调节
据库、DrugBank Online 数据库、OMIM 数据库和 TTD 数 对脂多糖的应答
树突 －lgP
据库中检索和筛选 AD 疾病靶点，共得 1 185 个疾病 受体复合体 60
突触后膜 40
膜侧区
靶点。 细胞质核周区 20
膜筏
借助韦恩图将“2.1.1”项下核心成分靶点与前述疾 囊泡腔 CC
单价离子通道复合体 基因数
病靶点进行映射，取交集后，共得 330 个药物-疾病交集 蛋白激酶复合体 30
神经元投射末端 50
70
靶点。 蛋白激酶活性
激酶结合
蛋白同源二聚化活性
2.1.3 蛋白-蛋白相互作用网络构建 蛋白结构域特异性结合
内肽酶活性
将药物-疾病交集靶点导入STRING数据库，设置高 蛋白酪氨酸激酶活性 MF
转录因子结合
可信度为0.900，去除无关联节点后，构建蛋白-蛋白相互 神经递质受体活性
磷酸酶结合
作用（protein-protein interaction，PPI）网络，并使用 Cyto‐ 非跨膜蛋白酪氨酸激酶活性
10 20
scape 3.10.2软件对度值大于其中位值的节点（133个）进 富集基因占比
行可视化展示（限于篇幅，该网络可扫描本文首页二维 A. GO富集
码链接页面中“增强出版”板块查看附图 1）。在该 PPI 癌症通路
AD
网络中，有 25 个节点的度值超过 20，为核心靶点。其 脂质与动脉粥样硬化
钙信号通路
中，部分核心靶点与炎症通路相关，如核因子 κB 亚基 1 前列腺癌
（nuclear factor-kappa B subunit 1，NFKB1）、NF-κB p65、 环磷酸腺苷信号通路 －lgP
NF-κB信号通路 80
IL-1β、IL-6、TLR4、肿瘤坏死因子（tumor necrosis factor， 5-羟色胺能突触 60
雌激素信号通路
TNF）；此外，靶点 NLRP3、CASP1 的度值虽低于 20，但 癌症中的转录失调 40
20
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在炎症通路中具有重要作用 。因此，将上述（核心）靶 坏死性凋亡 KEGG
胞葬作用 基因数
点作为AD相关核心炎症靶点。 多巴胺能突触 20
40
2.1.4 “药物-活性成分-靶点”网络构建 血小板活化 60
膀胱癌 80
使用 Cytoscape 3.10.2 软件对药物、核心成分、交集 铂类药物耐药性
2型糖尿病
靶点构建“药物-活性成分-靶点”网络（限于篇幅，该网络 黏着连接
可扫描本文首页二维码链接页面中“增强出版”板块查 类风湿性关节炎
军团菌病
看附图 2）。该网络有节点 439 个、边 2 830 条。拓扑学
10 20
分析结果显示，度值排前12位的成分依次为panaxacol、 富集基因占比
B. KEGG富集
去氧哈林通碱（deoxyharringtonine）、龙胆根素（genti‐
sin）、五 味 子 酯 乙（gomisin B）、人 参 炔 三 醇（panaxy‐ 图1 KXS 改善 AD 交集靶点的 GO、KEGG 富集分析
triol）、五味子酯甲（gomisin A）、quinicine、enhydrin、tau‐ 气泡图
remisin、vulgarin、人参环氧炔醇（panaxydol）、celaben‐ 2.2 分子对接分析
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zine，属核心活性成分。其中，五味子酯乙 、人参炔三 通过 PubChem 数据库下载核心抗炎成分五味子酯
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醇 、五味子酯甲 、enhydrin 、vulgarin 、人参环氧炔 乙、人参炔三醇、五味子酯甲、enhydrin、vulgarin、人参环
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醇 均具有一定的抗炎活性，为KXS的核心抗炎成分。 氧炔醇的 3D 结构，使用 Chem 3D 软件进行小分子结构
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2.1.5 基因本体、京都基因和基因组数据库富集分析 优化；从 RCSB PDB 数据库中下载核心炎症靶点蛋白
将药物-疾病交集靶点导入 Metascape 在线工具进 NFKB1、NF-κB p65、IL-1β、IL-6、TLR4、TNF、NLRP3、
行基因本体（gene ontology，GO）、京都基因和基因组数 CASP1 的晶体结构，然后使用 PyMOL 软件去除水分子
据 库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes， 和天然配体；使用AutoDock软件的“AutoGrid”模块识别
KEGG）富集分析。其中，GO 富集包括生物过程（bio‐ 活动对接部位，构建受体-配体“pdbqt”文件并进行分子
logical process，BP）、细胞组分（cellular component，CC） 对接可视化展示，其结合能热图见图 2（限于篇幅，分子
和分子功能（molecular function，MF）。分别将 GO 富集 对接示例可扫描本文首页二维码链接页面中“增强出
结果（富集基因数排前 10 位）、KEGG 富集结果（富集基 版”板块查看附图 3）。对接结果显示，上述成分与靶点
因数排前20位）导入微生信在线平台生成气泡图。富集 之间均具有较强的结合能力（结合能＜－0.42 kcal/mol
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结果（图1）中，BP项的“炎症反应”直接指向炎症，BP项 即表示结合能力较强 ，1 kcal＝4.184 kJ）。
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