Page 66 - 《中国药房》2022年23期

近中心度，按大于2倍度值中位数的条件筛选核心靶点 以最小自由能对结构进行优化，然后保存为“Mol2”格式
蛋白。 文件，即为小分子配体。从 RCSB PDB 蛋白质数据库

2.2.4 基因本体功能注释和 KEGG 通路富集 基于 （https：//www.rcsb.org/）中下载蛋白受体的 3D 结构，导
DAVID 6.8 数据库（https：//david.ncifcrf.gov/）对消食颗 入 pymol 2.4.0 软件进行去水、分离配体处理，保存为
粒与 FD 的交集靶点基因进行基因本体（GO）功能注释 “pdb”格式文件，即为蛋白受体。使用AutoDock tools软
和 KEGG 通路富集分析，限定物种为“Human（人类）”， 件确定小分子配体可扭转键，并对蛋白受体进行加氢等
保留 q 值（即校正后的 P 值）小于 0.05 的富集条目，并按 处理，然后将小分子配体和蛋白受体均转存为“pbdqt”格
照q值大小进行排序。GO分析选取排名前10位的富集 式文件，使用 AutoDock vina 软件将小分子配体和蛋白
结果进行分析，KEGG分析选取排名前20位的富集结果 受体进行分子对接，确定核心靶点与核心成分的结合亲

进行分析。采用微生信在线数据库（https：//www.bioin‐ 和力。结合能＞－5～－4.25 kcal/mol 表示配体小分子
formatics.com.cn/）实现富集分析结果的可视化。 与受体蛋白存在一定活性，＞－7～－5 kcal/mol 表示具
[4]
2.3 基于分子对接的消食颗粒治疗 FD 的靶点蛋白 有较好的活性，≤－7 kcal/mol表示具有很好的活性 。
验证 3 结果
从 PubChem 数据库（https：//pubchem.ncbi.nlm.nih. 3.1 消食颗粒化学成分的鉴定结果
gov/）中下载活性成分的 2D 结构，保存为“sdf”格式文 从消食颗粒中共鉴定出53种化学成分，主要为黄酮
件，使用chem3D软件将活性成分的2D结构转化为3D， 类和有机酸类化合物，详见图1、表1。
×10 8 ×10 8
6.5 6.5
6.0 52 6.0
5.5 5.5
5.0 53 5.0
4.5 2 8 4.5 1 50
离子强度 3.5 6 22-25 28 36 37 51 离子强度 3.5 3 4 12 13/14 36 43 48
4.0
4.0
3.0
3.0
5
21
10
2.5
2.5
47 49
33
2.0
30
15 17
1.5
1.5 11 12 18-20 26 27 29 32 34/35 39 40 44 46 48 2.0 7 9 16 23 26 28 31 35 38 41/42 45
1.0 1.0
0.5 0.5
0 0
1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39
采集时间/min 采集时间/min
A.正离子模式 B.负离子模式
注：1～53表示53种主要成分的编号
图1 正、负离子模式下消食颗粒UPLC-Q-TOF-MS检测的总离子流图
表1 消食颗粒化学成分鉴定结果
编号 t Ｒ/ min 分子式 m/z（实测值） m/z（理论值） 误差/（×10） 离子模式 主要碎片离子（m/z） 化合物
6
1 0.375 C 4H 4O 4 115.003 6 115.003 7 0.71 [M－H] － 71.014 0、73.024 0、114.996 0 延胡索酸
2 0.391 C 5H 11NO 2 118.086 5 118.086 3 －2.09 [M+H] + 53.038 3、54.048 7、72.080 2 L-缬氨酸 a
3 0.392 C 4H 6O 5 133.014 2 133.014 2 0 [M－H] － 72.993 5、89.024 9、113.013 7 苹果酸 a
4 0.425 C 6H 8O 6 175.024 9 175.024 8 0.07 [M－H] － 116.017 0、85.097 3、173.032 1 维生素C
5 0.475 C 6H 8O 7 191.019 7 191.024 9 0.14 [M－H] － 111.012 5、129.024 3、173.004 9 柠檬酸 a
6 0.491 C 10H 13N 5O 4 268.104 0 268.104 4 0.11 [M+H] + 136.062 3、119.036 0、90.025 0 腺苷 [5]
7 0.492 C 4H₆O₄ 117.019 4 117.019 3 0.27 [M－H] － 73.029 6、99.008 6、116.927 0 琥珀酸 a
8 0.524 C 12H 22O 11 381.079 4 381.079 8 －0.09 [M+K] + 179.055 8、219.042 5、341.108 4 蔗糖
9 0.685 C 13H 16O 9 315.072 1 315.072 2 －0.14 [M－H] － 153.009 9、163.036 3、315.071 2 原儿茶酸-3-O-葡萄糖苷
10 1.023 C 14H 18O 9 329.087 8 329.087 3 0.02 [M－H] － 123.041 8、167.034 8、269.058 6 香草酸葡萄苷
11 1.172 C 7H 14O 6 217.104 8 217.068 5 －0.21 [M+NA] + 175.050 9、127.043 9 奎宁酸
12 1.422 C 11H 12N 2O 2 203.082 7 203.082 6 －0.48 [M－H] － 159.090 5、184.978 6、201.089 0 L-色氨酸
13 1.439 C 6H 6O 2 109.029 5 109.029 5 0 [M－H] － 81.034 9、91.018 3、108.019 3 2-乙酰基呋喃
14 1.522 C 6H 6O 2 119.029 5 119.029 5 0 [M－H] － 107.036 8、111.043 1 5-甲基糠醛
15 2.767 C 8H 8O 4 169.048 0 169.049 5 0.21 [M+H] + 151.044 0、105.034 5、95.048 3 香草酸
16 2.818 C 6H 12O 6 179.054 1 179.056 1 0.06 [M－H] － 179.054 1、161.124 1、101.025 4 果糖或葡萄糖
17 3.266 C 9H 6O 3 163.039 1 163.039 0 －0.18 [M+H] + 135.044 0、117.033 6、89.038 9、120.081 2 7-羟基香豆素
18 3.349 C 16H 18O 9 377.084 3 377.083 3 0.03 [M+Na]+ 359.073 3、215.052 2、185.020 9 新绿原酸
19 3.475 C 16H 18O 9 377.084 3 377.083 3 0.03 [M+Na]+ 359.078 3、215.052 4、185.021 0 绿原酸
20 3.554 C 16H 18O 9 377.084 3 377.083 3 0.03 [M+Na]+ 359.072 7、215.051 9、185.020 3 隐绿原酸
a：经对照品比对后鉴定
· 2876 · China Pharmacy 2022 Vol. 33 No. 23 中国药房 2022年第33卷第23期