Page 73 - 《中国药房》2021年10期

图4 黄芪与UC交集基因PPI网络中核心靶点基因的筛选流程
Fig 4 Core target gene screening of PPI network of interaction target gene of Astragali Radix and UC

表 2 黄芪与 UC 交集基因中核心靶点基因的拓扑学 表 4 黄芪与 UC 交集靶点基因的 GO 功能注释分析结
参数 果（细胞组成，前10位）
Tab 2 Topological parameters of the core target genes Tab 4 GO function annotation analysis results of in-
in the intersection genes of Astragali Radix and tersection target genes of Astragali Radix and
UC UC（cell composition，top 10）
核心靶点基因 介数中心性 接近中心性 度中心性 特征向量中心性 局部平均连通度 网络中心性 GO 编号 GO功能注释（英文名称） 基因数 q值
MAPK14 33.21 0.63 13 0.22 5.38 7.45 0045121 膜筏（Membrane raft） 17 2.00×10 －9
MYC 34.18 0.66 15 0.25 6.67 9.97 0098857 膜微区（Membrane microdomain） 17 2.00×10 －9
JUN 91.88 0.74 20 0.31 7.60 15.23 0098589 膜区域（Membrane region） 17 2.39×10 －9
AKT1 81.63 0.69 17 0.25 5.53 10.02 0005667 转录调节复合物（Transcription regulator complex） 17 6.76×10 －8
MAPK1 92.49 0.74 20 0.31 7.10 14.37 1902554 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物（Serine/threonine protein kinase 9 2.11×10 －7
IL2 20.81 0.61 11 0.19 5.27 6.65 complex）
RB1 22.30 0.61 11 0.17 4.73 6.56 0000307 细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物（Cyclin-dependent 7 2.88×10 －7
RELA 63.52 0.69 17 0.26 6.71 12.00 protein kinase holoenzyme complex）
表 3 黄芪与 UC 交集靶点基因的 GO 功能注释分析结 0090575 RNA聚合酶Ⅱ转录调节复合物（RNA polymerase Ⅱ transcription 11 2.88×10 －7
regulator complex）
果（生物过程，前10位） 1902911 蛋白激酶复合物（Protein kinase complex） 9 8.77×10 －7
Tab 3 GO function annotation analysis results of in- 0031983 囊泡腔（Vesicle lumen） 13 4.23×10 －6
tersection target genes of Astragali Radix and 0000790 核染色质（Nuclear chromatin） 13 1.86×10 －5
UC（biological process，top 10） 表 5 黄芪与 UC 交集靶点基因的 GO 功能注释分析结
果（分子功能，前10位）
GO 编号 GO功能注释（英文名称） 基因数 q值
0032496 对脂多糖的反应（Response to lipopolysaccharide） 35 5.31×10 －29 Tab 5 GO function annotation analysis results of in-
0002237 对细菌来源分子的反应（Response to molecule of bacterial origin） 35 1.04×10 －28 tersection target genes of Astragali Radix and
0062197 细胞对化学应激的反应（Cellular response to chemical stress） 34 3.10×10 －27
0000302 对活性氧的反应（Response to reactive oxygen species） 29 3.97×10 －26 UC（molecule function，top 10）
0006979 氧化应激反应（Response to oxidative stress） 35 5.54×10 －25 GO 编号 GO功能注释（英文名称） 基因数 q值
0034599 细胞对氧化应激的反应（Cellular response to oxidative stress） 29 6.01×10 －23 0004879 核受体活性（Nuclear receptor activity） 10 1.26×10 －10
0046677 对抗生素的反应（Response to antibiotic） 29 5.07×10 －22 0098531 配体激活的转录因子活性（Ligand-activated transcription factor 10 1.26×10 －10
0034614 细胞对活性氧的反应（Cellular response to reactive oxygen species） 23 1.76×10 －21 activity）
0010038 对金属离子的反应（Response to metal ion） 29 7.15×10 －21 0140297 DNA结合转录因子结合（DNA-binding transcription factor binding） 19 5.53×10 －10
0031667 对营养水平的反应（Response to nutrient levels） 31 3.25×10 －19 0061629 RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合（RNA polymerase 17 8.11×10 －10
Ⅱ-specific DNA-binding transcription factor binding）
结合能≤－7.0 kcal/mol的受体-配体分子对接结果
0003707 类固醇激素受体（Steroid hormone receptor activity） 9 1.05×10 －8
3D、2D示意图见图7（图中，黑色背景为3D结构图，主要 0044389 泛素样蛋白连接酶结合（Ubiquitin-like protein ligase binding） 16 2.65×10 －8
0035173 组蛋白激酶活性（Histone kinase activity） 6 4.98×10 －8
展示对接位置及形态；白色背景为2D结构图，主要展示
0005126 细胞因子受体结合（Cytokine receptor binding） 15 6.23×10 －8
对接成键信息）。氢键是促使配体结合到活性位点的主 0020037 血红素结合（Heme binding） 11 9.40×10 －8
[16]
要作用力 。由图7可知，槲皮素可与MAPK1基因编码 0005125 细胞因子活性（Cytokine activity） 13 1.53×10 －7
蛋白（PDB 编号 6d5y）的活性位点 MET-108、VAL-39 形 基因编码蛋白（PDB 编号 1unp）的活性位点 GLU-40、
成氢键；槲皮素可与RB1基因编码蛋白（PDB 编号1gux） GLN-43、GLN-47 形成氢键；芒柄花黄素可与 RB1 基因
的活性位点 ARG-552 形成氢键；7-O-methylisomucronu- 编 码 蛋 白（PDB 编 号 1gux）的 活 性 位 点 THR-738、
latol 可与 RB1 基因编码蛋白（PDB 编号 1gux）的活性位 ARG-556 形成氢键，并可在 HIS-699 处形成π-π堆积；异

点ARG-552、ARG-556形成氢键；芒柄花黄素可与ATK1 鼠李素可与MAPK1基因编码蛋白（PDB 编号6d5y）的活

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