Page 61 - 《中国药房》2021年2期
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种现代化研究方法        [1－2] 。随着中医药信息、基因组学、蛋              数据库统计结果见表1。
        白组学等生物信息学数据的不断丰富和完善，中药复方                              表1 纳入文献中采用的中药信息数据库统计结果
        现代化研究飞速发展，NP 研究逐渐成为这一领域中的                          Tab 1 Statistical results of TCM information data-
        重要方法之一      [3－5] 。基于文献分析法探讨 NP 在中药复                       base used in the included literatures
        方现代化研究中的应用进展，可以综合评价中药复方研                           数据库名称          文献，篇              特点
                                                           中药系统药理数据库与分     488  TCMSP包含中药化学成分、药物靶点网络、药物/疾病靶点网
        究领域中 NP 的应用现状，分析、预测 NP 在该领域中的
                                                                                                       [7-8]
                                                           析平台（TCMSP）          络以及药物的药动学参数等，数据库信息丰富、全面 ，在中
        发展前景，有助于更为详尽地阐明NP的应用特点，拓宽                                              药复方的NP研究中应用最多
        其在中药复方研究中的应用范围，为今后中药复方领域                           中药综合数据库（TCMID）  142  TCMID侧重于中药的现代化以及标准化研究，可将现代药理
                                                                               学和生物医学两套独立的科学体系同药物靶点、疾病基因/蛋
        的深入研究提供有效手段。基于此，本研究纳入了中国                                               白质联系在一起 [9-11]
        知网、万方数据以及维普网等数据库收录的相关文献，                           HitPredict（HIT）  18  HIT是经实验确定的蛋白相互作用整合资源数据库，带有置信
        根据NP应用子领域和分析平台（或查询数据库）进行归                                              度得分以表明其可靠性，其新版本结合了相互作用的实验信
                                                                               息，并提供基于相互作用蛋白特征的原始得分得出的新得分 [12-13]
        纳分类，并根据分类结果对其研究现状进行分析与论
                                                                                  @
                                                           台湾中医药资料数据库      15  TCM Taiwan成立年份较早，其中数据信息可作为TCMSP和
        述，现报道如下。                                           （TCM Taiwan）        TCMID两个数据库内容的补充和完善 [14-15]
                                                              @
        1 资料与方法                                            Naturally occurring plant-  11  NPACT收集了来源于植物且具有抗癌活性（体内和体外）的
                                                           based anti-cancer compound-  天然化合物信息（信息经过实验验证），可用于其他数据库的
            笔者以“中药复方”“网络药理学”为主题词，在中国                       activity-target（NPACT）  补充 [16-17]
        知网、万方数据、维普网等数据库中组合查询 2006 年 5                      Natural product activity and  10  NPASS可通过提供来自25 041个物种的35 032个NP实验的活
                                                           species source（NPASS）  性值和物种来源来补充其他数据库，这些物种包含5 863个目标
        月－2020 年 5 月（2006 年之前相关文献数量较少，因此                                       （包括蛋白质、微生物物种和细胞系） [18-19]
        本文所建立数据库搜集文献起始时间为2006年5月）发
                                                           2.2.2  常用疾病靶点数据库           中药复方的NP研究需要
        表的相关文献。排除重复文献及与研究内容无关的文
                                                           找到特定疾病的作用靶点，然后与中药复方化合成分的
        献后，对剩余文献根据其中药学二级学科及相关研究方
                                                           作用靶点进行合并分析，取两者交集来预测中药复方的
        向进行 NP 研究子领域分类，并分类归纳文献中所应用
                                                           主要作用靶点，因此研究中需用到相关疾病的靶点数据
        的数据库、NP分析平台软件等情况，总结应用次数≥10
                                                           库。纳入文献中采用的疾病靶点数据库（出现频次≥10
        次的数据库及平台的特点；同时，对纳入文献进行计量
                                                           次）统计结果见表2。
        统计，并简要分析NP在中药复方领域中的应用情况。
                                                              表2 纳入文献中采用的疾病靶点数据库统计结果
        2 结果                                               Tab 2   Statistical results of disease target database
        2.1  文献检索结果                                                used in the included literatures
            经检索，共获得相关文献 19 624 篇，去除无效文献
                                                           数据库名称          文献，篇              特点
        和重复文献后，最终纳入有效文献761篇。                               Therapeutic target database  138  TTD的建立基于已发表的文献，可以提供疾病靶点、蛋白、通
                                                           （TTD）                路和相关药物信息，并可以和其他数据库交叉链接，用户可进
        2.2  中药复方NP研究数据库、应用平台及软件汇总
                                                                                行自定义查询、靶点相似性查询、药物相似性查询等 [20-21]
            NP 的研究一般以系统生物学和多向药理学为基
                                                           Online mendelian inheritance  131  OMIM包含遗传病、决定生物体遗传性状的遗传物质、已知有
        础，其主要研究方法是以计算机辅助系统分析中药成                            in man（OMIM）         关致病基因的连锁关系、染色体定位、组成结构和功能、动物
                                                                                模型等资料 [22-23]
        分、疾病靶点、蛋白靶点、治疗通路等相互作用，可视化
                                                           Comparative toxicogenomics  84  CTD收录了有关基因/蛋白相互作用、疾病和基因关系的信
        展示药物作用对生物网络的影响，预测中药复方作用于                           database（CTD）        息 [24-25]
        疾病的治疗靶点、通路等，进而阐明中药复方的作用机制，                         DisGeNET         47  DisGeNET收录了公共数据库、全球野生动植物名录、动物模
                                                                                型和科学文献等数据 [26-27]
                                                  [6]
        以便后续能有针对性地研究药物、疾病的实际情况 。由
                                                           MalaCards        21  MalaCards主要收录了疾病信息及其注释，包括疾病症状、治
        此可知，NP 的研究需要依靠各个生物信息库和计算机                                               疗药物、研究论文、相关基因、临床试验数据以及相关疾病/病
                                                                                症等 [28-29]
        分析平台的支持，因此本研究拟从常用中药信息数据
                                                           Genetic association database  19  GAD主要收录了复杂疾病和病症的遗传学数据，自2014年9
        库、疾病靶点数据库、药物靶点数据库及靶点预测平台
                                                           （GAD）                月1日起停止服务，但截至2014年8月18日的所有GAD数据
        和 NP 分析软件等 4 个方面汇总中药复方 NP 研究常用                                          仍可下载 [30-31]
        数据库及软件的相关特点。                                       2.2.3  药物靶点数据库及靶点预测平台                中药复方NP
        2.2.1  常用中药信息数据库           中药复方的 NP 研究，首           的研究中会根据相关靶点预测平台和药物靶点数据库
        先需要查询中药复方中所包含的化学成分，然后根据化                           中的化合物靶点来推测中药复方可能的作用靶点。虽
        学成分结构推测作用靶点。因此，中药信息数据库对于                           然中药信息数据库中也同样包含部分化合物的靶点信
        NP研究的重要性是显而易见的。本研究对纳入文献中                           息，但靶点预测平台中的数据更为齐全，可以起到补充
        所采用的常见中药信息数据库（出现频次≥10 次）进行                         作用。纳入文献中采用的药物靶点数据库及靶点预测
        分类计数并归纳其特点。纳入文献中采用的中药信息                            平台（出现频次≥10次）统计结果见表3。


        中国药房    2021年第32卷第2期                                               China Pharmacy 2021 Vol. 32 No. 2  ·183 ·
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