Page 62 - 《中国药房》2021年2期
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表3    纳入文献中采用的药物靶点数据库及靶点预测平                             2006－2019 年，中药复方 NP 研究逐年增长，并在
              台统计结果                                         2017年开始呈爆发式增加，2019年可检索到的文献数量
        Tab 3 Statistical results of drug target database and  达313篇，而2020年1月1日－5月20日已有129篇相关
               target prediction platform used in the included  论文发表；且所发表的文献中，中文核心期刊所占比例
               literatures                                  为 46.25％，如图 1 所示（图中，2008 年和 2010 年未有纳
        数据库/平台名称     文献，篇               特点                  入文献）。
        DrugBank      96   DrugBank提供有关化学分子及其机制的全部信息：包括其理化        350
                           特征、药动学参数、相互作用信息以及靶点 [32]                                               313
                                                                  300                   文献总数
        SwissTargetPrediction  59  该平台包含了在3 068个大分子靶点上具有实验活性的376 342  250
                           种化合物的相关信息，可用于预测大分子蛋白靶点 [33-34]                               中文核心期刊文献数
                                                                  篇  200
        TargetNet     45   在TargetNet数据库中可通过提交分子结构文件得到该分子通过       文献，  150                     142  147
                           623个高质量构效关系模型模拟后的预测活性，进而生成该分子                                            129
                           的药物-靶点谱，该谱可应用于药物潜在靶点预测、药物-药物相          100                        68  75
                           互作用预测、药物毒性预测等 [35-36]                   50              9  17  8  35 20  39 17  35  45
        PharmMapper   41   PharmMapper是具有统计方法的、实时更新的集成药效团匹配平        0  1 0  1 1  2 1  2 0  3  1  2
                           台，可用于潜在目标识别 [37-38]                         2006  2007  2009  2011  2012  2013  2014  2015  2016  2017  2018  2019  2020
        SuperPred     35   SuperPred数据库可将类似化合物的化学相似性与分子靶点和基                          年份
                           于相似性原理的治疗方式联系起来，进行靶点分类与预测 [39-40]       图1   2006－2019年纳入文献发表情况
        STITCH        25   STITCH是一个化合物-蛋白相互作用的数据库，该数据库也可   Fig 1 Publication of included literatures in 2006-2019
                           用于化合物靶点的预测 [41-42]
                                                            3 NP在中药复方研究子领域的应用情况
        2.2.4 NP 分析软件       中药复方 NP 研究中前期分析得
                                                            3.1  作用机制研究
        出的中药信息以及疾病靶点信息等数据需经过进一步
        分析处理来直观表述中药复方的作用机制，因此研究中                                NP在中药复方研究中的主要应用领域为作用机制
                                                                [49]
        会使用1种及以上的NP分析软件。纳入文献中采用的                            研究 。中药复方治疗特定疾病是一个复杂的作用过
        NP分析软件（出现频次≥10次）统计结果见表4。                            程，涉及多个活性成分、靶点、通路等信息。NP 通过研
            表4   纳入文献中采用的NP分析软件统计结果                         究中药复方活性成分、靶点、通路间的相互作用机制来
        Tab 4 Statistical results of NP analysis software used  解释其发挥治疗特定疾病的作用方式，这种系统性的分
               in the included literatures                  析方法恰好与中医整体观念以及辨证论治思想不谋而
                                                                           [50]
        软件/平台名称            文献，篇           特点                合。例如，马阳等 应用 NP 方法探讨了丹参-葛根药对
        CytoScape           518 CytoScape软件能可视化分析分子相互作用网络和生物  治疗冠心病的作用机制，得出该药对中的活性成分丹参
                               途径，并将这些网络与注释、基因表达谱和其他状态数     酮Ⅱ A、木犀草素和葛根素等可通过缺氧诱导因子 10
                               据整合在一起 [43-44]
        The database for annotation，visualization 270 DAVID是一个生物信息数据库，整合了生物学数据和分  （HIF-10）、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶 B（PI3K/Akt）、
        and integrated discovery（DAVID）  析工具，为大规模的基因或蛋白列表提供系统、综合的  肿瘤坏死因子（TNF）和Janus激酶/信号转导与转录激活
                               生物功能注释信息，帮助用户从中提取有效信息 [45-46]
                                                            因子（JAK/STAT）等信号通路作用于 TNF、血管内皮生
        Bioinformatics analysis tool for mole- cular  75 BATMAN-TCM可用于预测中药成分的潜在靶点并对
        mechanism of traditional Chinese medicine  这些靶点进行功能分析，并可显示中药成分-靶点-途径/  长因子A（VEGFA）、肿瘤蛋白53（TP53）和白细胞介素6
                               疾病关联网络和突出显示中药靶点的生物途径 [47-48]
                                                           （IL-6）等相关靶点，进而发挥血压调节、血管生成和炎症
        2.3  文献计量研究结果                                       反应抑制等作用，为进一步研究丹参-葛根药对的药理
            按照中药学二级学科、相关研究方向对纳入文献的                          作用提供了科学参考；范文涛等                [51] 应用 NP 方法筛选
        主要研究领域进行分析，发现中药复方的 NP 研究主要                          石菖蒲-郁金药对治疗抑郁症的作用靶点，其先通过
        应用于作用机制研究、药效物质基础研究、配伍规律研                            TCMSP 搜索石菖蒲、郁金的所有化学成分并筛选成分
        究、“效-毒”网络研究以及新方挖掘研究等5个主要子领                          对应的作用靶点，再基于基因富集等构建“化合物-疾病
        域，涉及相关子领域的文献统计结果见表5（在中药复方                           靶点-蛋白”相互作用网络，最后通过动物实验进一步验
        NP 研究子领域中，作用机制与物质基础子领域研究有                           证该药对可能通过作用于错误折叠蛋白、性激素分泌等
        重合，因此表中文献总数大于761）。                                  靶点发挥治疗作用；吴丹等 探讨了栀子豉汤的抗抑郁
                                                                                   [52]
             表5 中药复方NP研究子领域文献统计结果                           作用机制，其应用NP方法的预测结果表明，栀子豉汤中
        Tab 5 Statistical results of NP research sub fields of  多个化学活性成分可发挥抗抑郁疗效，为今后该药的抗
               TCM compound prescription
                                                                                                        [53]
                                                            抑郁作用机制的研究提供了新的研究思路；庄莉等 以
        子领域名称           文献，篇     子领域名称          文献，篇        NP方法筛选二至丸中保护肾脏的药效活性成分以及其
        作用机制             693     “效-毒”网络         11
        药效物质基础           51      新方挖掘            10         作用靶点，构建“成分-靶点-通路”作用网络，初步分析了
        配伍规律             37                                 二至丸可通过调控多种生物途径起到保护肾脏的作用，


        ·184 ·  China Pharmacy 2021 Vol. 32 No. 2                                    中国药房    2021年第32卷第2期
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