Page 93 - 2019年10月第30卷第20期
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[7]
            葶苈子为十字花科植物播娘蒿[Descurainia sophia                该网络中的重要程度成正比 。
        （L.）Webb ex Prantl]或独行菜（Lepidium apetalum Willd.）   1.3 构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络
        的干燥成熟种子，其味辛、苦，性大寒，归肺、膀胱经，具                              PPI 是生物分子网络中的基本组成元件，是疾病发
                                                                             [8]
        有泻肺平喘、行水消肿之功效，可用于痰涎壅肺、喘咳                            生发展的关键环节 ，故本研究使用 STRING 数据库获
                                                      [1]
        痰多、胸胁胀满、胸腹水肿、小便不利等症的治疗 。                            取靶标蛋白相互作用关系，从 PPI 层次探讨葶苈子的潜
        现代药理研究证实，葶苈子具有止咳平喘、强心利尿、抗                           在作用机制。将葶苈子靶标蛋白信息输入 STRING 数
                                     [2]
        肿瘤等作用，具有一定的开发价值 。                                   据库，物种设为“Homo sapiens”，最低相互作用阈值设为
            中药药效的物质基础由多种结构和功能各异的化                           最 高 置 信 度“Highest confidence（0.900）”，同 时 设 置
        合物组成，其药效的发挥也并非集中于某一特定靶标，                           “Hide disconnected nodes in the network”以隐藏网络中
        而是涉及多个靶标 。作为新兴学科，网络药理学打破                            无关联的节点，其余参数均为“默认”，构建PPI关系。将
                         [3]
        了原有单一的研究框架，构建了“药物-成分-靶点-疾病”                         上述 PPI 关系导入 Cytoscape 3.7.0 软件进行可视化处
                                               [4]
        的多层次网络，与中医药整体观理论相契合 。该学科                            理，以获取PPI网络；以度值大于2倍平均度值为标准筛
        可为从分子生物学水平阐明中药“多成分、多靶点、多通                           选核心靶标蛋白，并采用 Excel 2010 软件绘制相应蛋白
        路”作用机制提供科学依据，且具有整体性和系统性的                            的信息条形图。
             [5]
        特点 。笔者通过查阅文献发现，目前关于葶苈子的现                            1.4 KEGG通路富集分析
        代药理研究多集中于其有效化学成分、药理作用、生物                                将葶苈子相关作用靶标蛋白的编码基因导入 DA-
        活性、质量控制等领域，而有关其多成分、多靶标、多途                           VID 生物信息学资源数据库（https：//david.ncifcrf.gov/）
                                                            中进行 KEGG 通路富集分析。物种设为“Homo sapi-
        径、多效应药效作用机制的系统性研究则相对较少。为
        此，本研究拟采用网络药理学方法分析并预测葶苈子的                            ens”，计算所有富集通路的P值，并采用Bonferroni法进
                                                                                                   [6]
        潜在作用机制，以期为该药材的进一步开发利用及临床                            行校正，P＜0.01 的结果被认为是“显著富集”，挖掘葶
                                                            苈子靶标蛋白编码基因参与的KEGG通路信息。
        应用提供理论依据。
        1 资料与方法                                             2 结果
                                                            2.1  葶苈子有效化合物和靶标蛋白筛选结果
        1.1  获取葶苈子有效化合物和靶标蛋白
                                                                从TCMSP数据库中共获得葶苈子的相关化合物68
            本研究依托中药系统药理学分析平台（TCMSP，
                                                            个，参照 OB≥30％、DL≥0.18 的标准共筛选出化合物
        http：//lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php），以“葶苈子”作为“Herb
                                                            12 个；排除无对应靶标或靶标蛋白无标准名称的化合
        name”进行检索，并通过口服生物利用度（OB）和类药性
                                                            物，共筛选得葶苈子中的有效化合物9个、靶标蛋白174
        （DL）来筛选葶苈子中活性较高的化合物。其中，OB是
                                                            个，详见表1、表2。
        指口服药物被吸收后进入循环系统，并保持药理活性的
                                                                         表1 葶苈子有效化合物
        比例，是评价活性成分药动学行为的关键指标；DL则体
                                                            Tab 1 Effective components of the seed of D. nemorosa
        现了化合物与已知药物的相似性，是评价成药性高低的
                                                            TCMSP编号              名称               OB，％   DL
                 [3]
        重要指标 。本研究以 OB≥30％、DL≥0.18 为筛选标
                                                            MOL002211  顺式-11，14-二十碳二烯酸（11，14-eicosadienoic acid）  39.99  0.2
        准，对葶苈子的有效化合物及其靶标信息进行筛选，以                            MOL000296  常春藤皂苷元（Hederagenin）         36.91  0.75
                                 [6]
        提高数据的真实性与可靠性 。将葶苈子有效化合物靶                            MOL000354  异鼠李素（Isorhamnetin）          49.6  0.31
                                                            MOL000358  β-谷甾醇（β-sitosterol）         36.91  0.75
        标 信 息 输 入 蛋 白 质 相 互 作 用 平 台 STRING 数 据 库            MOL003906  毒毛旋花子苷K（Strophanthoside K）  30.8  0.78
        （https：//string-db.org/），以获取其有效化合物靶标蛋白              MOL003908  Cynotoxin                   99.94  0.78
                                                            MOL003927  双高亚麻酸（Dihomolinolenic acid）  44.11  0.2
        的标准名称。
                                                            MOL000422  山柰酚（Kaempferol）             41.88  0.24
        1.2 构建有效化合物-靶标蛋白网络                                  MOL000098  槲皮素（Quercetin）              46.43  0.28
            将上述筛选所得的葶苈子有效化合物和靶标蛋白                           2.2 葶苈子有效化合物-靶标蛋白网络分析结果
        相关信息输入Cytoscape 3.7.0软件（http：/cytoscape.org/）           通过 Cytoscape 3.7.0 软件获得葶苈子有效化合物-
        进行可视化处理，并构建葶苈子有效化合物-靶标蛋白                            靶标蛋白网络，见图 1。由图 1 可见，该网络共有 183 个
        网络。其中，葶苈子有效化合物及靶标蛋白用节点表                             节点、275条边。其中，最外两圈表示度值为1的靶标蛋
        示，两节点间的相互作用关系用边表示。使用软件中的                            白，再往里两圈表示度值＞1的靶标蛋白，最内圈表示葶
       “Network analyzer”工具进行网络拓扑学分析，以节点度                   苈子的有效化合物（其形状大小与度值成正比）。网络
        值（Degree）和中介中心度（Betweenness centrality）来评           拓扑学分析结果显示，该网络节点的平均度值为3.005，
        估节点的重要程度，上述参数值的大小均与对应节点在                            大于该平均值的节点有10个；平均中介中心度为0.014，


        ·2824  ·  China Pharmacy 2019 Vol. 30 No. 20                                中国药房    2019年第30卷第20期
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